V ločenem delu objekta MBO se izvaja obdelava (kompostiranje) biološko razgradljivih odpadkov (BIO). Kompostiranje poteka prostorsko ločeno od obdelave MKO in KOG, tako da ne more priti do kontaminacije končnega produkta (komposta). Prav tako se uporabljajo druge naprave, kot se uporabljajo za obdelavo ostalih odpadkov. Kompostarna ima letno zmogljivost obdelave 3.500 t biološko razgradljivih odpadkov.
Obdelava BIO se prične s sprejemom v sprejemni pisarni, kjer se preveri odpadke in spremljajočo dokumentacijo. Odpadke se nato preko tehtnice dostavi v objekt MBO, v sprejemno skladišče BIO oz. v skladišče strukturnega materiala. Pot obdelave se začne s pripravo ustrezne mešanice s homogenizatorjem/drobilnikom.

S kolesnim nakladalnikom se dozira ustrezno razmerje strukturnega materiala ter biološko razgradljivih odpadkov, ki se v homogenizatorju/drobilniku zdrobijo in homogenizirajo. Od tu se odpadki prestavijo v biotunel. V kompostarni so trije biotuneli enakih dimenzij, kot pri obdelavi MKO. Proces biološke obdelave poteka v štirih fazah in sicer:
- Postopek higenizacije – homogenizirani odpadki se prestavijo v prvi oz. drugi biotunel. Ko je eden izmed tunelov poln, se ga zapre ter zažene postopek higenizacije. Postopek higenizacije poteka pri temperaturi vsaj 65 °C tri dni. V prvem delu obdelave se odpadki zadržijo 18 dni. V tem času se polni drugi biotunel. Ko je postopek higenizacije zaključen in drug biotunel napolnjen, se sveže napolnjen biotunel zapre in zažene proces higenizacije, prvega pa odpre in prestavi na nadaljnjo obdelavo v tretji biotunel.
- Biološka obdelava v tretjem biotunelu bo potekala dodatnih 18 dni. V tem času se biološko razgradljivi deli odpadka predelajo in stabilizirajo. Za predelavo bodo skrbeli naravni mikroogranizmi, katerim se bo preko sistema vpiha zraka dovajalo svež in ogret zrak, preko namakalnega sistema pa čisto meteorno oz. pitno vodo. Po preteku 18 dni se biološko obdelane odpadke iz biotunela 3 preseje na bobnastem situ.
- Bobnasto sito se nahaja pod nadstrešnico objekta. Opremljeno je s sitom z velikostjo odprtin 1 x 1 cm. Tu se biološko obdelani in higenizirani odpadki ločijo na kompost ter strukturni material. Nad tekočim trakom komposta je nameščeno še sesalo za odsesavanje lahkih delcev plastike ali papirja. Presejani kompost v naslednji fazi potuje na zorenje v kope pod nadstrešnico, strukturni material pa na začetek procesa in znova vstopa v krog obdelave.
- Presejani kompost se bo iz procesa sejanja prestavil v kope pod nadstrešnico. Tu se ga s pomočjo obračalnika komposta tedensko obrača ter s tem omogoči dokončno obdelavo/zorenje. Proces tu poteka še vsaj 30 dni.

Ko kompost zaključi proces zorenja, je pripravljen za izvedbo monitoringa ter uporabo kot gnojilo.